«Фрескобальди утверждает, что его пьесы требуют свободной ритмической фразировки, не регулируемой границами такта, — пишет М.С. Друскин. — Он сравнивает ее с манерой исполнения мадригала, где ускорение и замедление темпа зависит от содержания текста. Фрескобальди рекомендует давать расширение движения в начале и в конце больших периодов; ясно отграничивать разделы формы, но помнить о художественном единстве пьесы; отчетливо „произносить“ орнаменты („последнюю ноту украшения или пассажа следует задержать, прежде чем пойти дальше“). Он требует артикулированного, а не механического исполнения пассажа („если в обеих руках пассажи, то на предшествующей ноте надо немного остановиться, чтобы затем сыграть их с большим блеском“); наконец, он вводит и тот прием ритмического украшения, который позднее получит наименование „ломбардской манеры“ (превращение равных по длительности шестнадцатых в ноты пунктирного ритма, где „не первая, но вторая шестнадцатая должна иметь точку“).

Как исполнитель, как творчески импульсивный музыкант Фрескобальди тяготеет к новому стилю, утвердившемуся, прежде всего, в вокальной музыке. Как композитор он возвышается последней вершиной уходящей органной традиции. Он не порывает с ней, хотя привносит много нового (вариационно-мотивное развитие, тональная фуга и пр.). В этой двойственности раскрывается своеобразие его творчества, в котором сплавлены элементы обостренного субъективизма и логики, глубокого лиризма и драматизма».

Как исполнитель Фрескобальди обладал исключительным даром импровизации. Искусство церковного органиста приобрело у него концертный размах. Об этом новом импровизационном стиле писал и сам маэстро: «Играть, не соблюдая такта — так же, как исполняются мадригалы, сообразно чувствам или смыслу слов». Интонационная свежесть и эмоциональная непосредственность музыки Фрескобальди не оставляли равнодушными.