С 1608 года жил он в Риме, где был органистом в капелле Юлия в соборе Св. Петра. Фрескобальди находился на службе у кардинала П. Альдобрандини. Позднее проживал в Мантуе и Флоренции.

Воспоминания современников полны восторженных отзывов о нем как о непревзойденном исполнителе и импровизаторе. Вот что, к примеру, писал в 1639 году французский виолист Могар: «Не без основания этот известный органист пользуется такой большой славой в Европе. И, несмотря на то что печатные произведения дают достаточно свидетельств его способностей, нужно послушать, как он импровизирует токкаты, полные тонких и поразительных находок, чтобы иметь суждение о его глубоком мастерстве. Он образец для всех наших органистов — надо приехать в Рим, чтобы послушать его». Выпущенный в 1792 году словарь Гербера называет Фрескобальди «отцом подлинного органного стиля».

К Фрескобальди приезжали учиться музыканты из многих стран Европы. Среди его учеников, в частности, был немецкий композитор и органист Иоганн Якоб Фробергер, один из выдающихся предшественников И. С. Баха Фрескобальди издал 8 сборников, которые дают возможность проследить эволюцию Фрескобальди и как исполнителя, и как композитора. Так в 12 фантазиях, выпущенных в 1608 году в Антверпене, новаторские искания в сфере тематизма и приемов его варьирования сочетаются с дерзновенным экспериментированием в области гармонии. Фрескобальди часто применяет диссонансы, которые, по выражению современников, «обжигают пальцы». Использует музыкант и внезапные модуляции, задержания, хроматизмы. Все перечисленные средства используются для усиления драматической выразительности.

Большой интерес представляют требования, которые Фрескобальди предъявляет к исполнению. В предисловии к первому сборнику токкат и партит «А1 Lettore» 1614 года, названном «К изучающему», звучит настоящий манифест, утверждающий манеру исполнения, которая спустя столетие получила название tempo rubato. Свои теоретические положения Фрескобальди в 1624 году подробнее изложил во введении к сборнику каприччио, а также частично их повторил в наиболее известном собрании «Музыкальные цветы» в 1635 году.